הפרעות במפרק הלסת ומערכת הלעיסה הנקראות בשפה המקצועית Temporo-mamdibular disorder (TMD)  מאוד שכיחות ועומדות על 3% מהאוכלוסיה, עם זאת המודעות  לטיפול הפיזיותרפי בבעיות אלה עדיין נמוך ולכן אנשים רבים ממשיכים לסבול מפגיעה באיכות החיים. 

מפרק הלסת מורכב מעצם המנדיבולה ומהעצם הטמפורלית, בינהם ישנו דיסק - רקמה גמישה וחזקה שדומה למניסקוס בברך ותפקידה להגן על חלקי המפרק. למפרק הלסת תפקידים רבים  וחשובים: פתיחה פה, אכילה, נשיכה, לעיסה, פיהוק, דיבור, בליעה, שתייה ועוד. כאשר ישנן הפרעות במפרק הלסת אחד מהתפקודים נפגע. 

ישנן 3 קבוצות של הפרעות עיקריות בבעיות במפרק הלסת: 
1. כאבים במפרק הלסת - על רקע של הפרעה שרירית, מפרקית, כאב ראש ספציפי שמקושר להפרעות בלסת ולעיתים שילוב שלהם. לאנשים אלה יהיה קשה למקם את הכאב והכאב יהיה יותר מפושט. גורמים תורמים: שכיח יותר בעשור השלישי לחיים, יותר בנשים, יכול להיות קשור בהידוק לסתות בערות,  חסר בויטמין B6 ו- B12, תת פעילות בלוטת התריס ועוד. במקרים אלה נראה הרבה פעמים גם כאב בצוואר או שנמצא בבדיקות הקליניות מעורבות צווארית.
2. הפרעה תוך מפרקית - הפרעות הקשורות בדיסק שנמצא בין שני חלקי המפרק. נפוץ בעיקר אצל נשים בעשור השני לחיים עם גמישות יתר. הדיסק הבין מפרקי מחליק קדימה ונוצרים קליקים בעת תנועת המפרק. התלונות יהיו קליקים בפתיחה או סגירה של הפה, נעילות של המפרק (אי יכולת לפתוח את הפה). התלונות יכולות להגיע עם או ללא כאבים. 
3. הפרעה ניוונית - תהליך ניווני ודלקתי של מפרק הלסת, במקרים רבים הבעיה תהיה משנית לבעית דיסק שהייתה בשנים קודם לכן.  הבעיה מאוד הדרגתית ומתפתחת עם השנים, שכיחה יותר בעשור החמישי לחיים ומעלה. לאנשים עם בעיה ניוונית יהיה מאוד קל למקם את הכאב ולרוב תנועת של פתיחת פה תהיה כאובה ותהיה מלווה בקרפיטציות (מעין חריקות) של המפרק. 

בפיזיותרפיה יתבצע אבחון על פיו יהיה ניתן לסווג את הבעיה לאחת מהשלוש שהוזכרו מעלה ולפי זה להתאים את הטיפול הנכון והמדוייק.